应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……
演员：古谷彻 潘惠子 藤田淑子 铃置洋孝 堀秀行 堀川亮 桥本晃一 水岛裕 三矢雄二 中尾隆圣 小林通孝 难波圭一 庄真由美 渡边菜生子 冬马由美 上村典子 柳泽三千代 柴田由美子 吉田奈穗 半谷君枝 村濑容子 川岛上业子 田中秀幸
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演员：田中真弓 坂本千夏 堀绚子 一城美由希 岛村佳江 槐柳二 八代骏 新村礼子 大塚周夫 菊地英博 渊崎由里子 梶哲也 青野武 仓崎青儿 仁内建之 山崎哲也 中原香织 胜田治美 丸山真奈实 渡边真砂子 新井美由记 纳谷悟朗 金田龙之介 常田富士男
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