漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……
演员：古谷彻 潘惠子 藤田淑子 铃置洋孝 堀秀行 堀川亮 桥本晃一 水岛裕 三矢雄二 中尾隆圣 小林通孝 难波圭一 庄真由美 渡边菜生子 冬马由美 上村典子 柳泽三千代 柴田由美子 吉田奈穗 半谷君枝 村濑容子 川岛上业子 田中秀幸
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演员：田中真弓 坂本千夏 堀绚子 一城美由希 岛村佳江 槐柳二 八代骏 新村礼子 大塚周夫 菊地英博 渊崎由里子 梶哲也 青野武 仓崎青儿 仁内建之 山崎哲也 中原香织 胜田治美 丸山真奈实 渡边真砂子 新井美由记 纳谷悟朗 金田龙之介 常田富士男
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